Органи Фонда су Управни одбор и директор.

Фондом управља Управни одбор. Управни одбор има три члана. Чланови Управног одбора бирају предсједника Управног одбора, надполовичном већином гласова. Чланове Управног одбора именује и разрјешава Влада.

Чланови Управног одбора именују се на период од четири године. Чланови Управног одбора могу бити разрјешени дужности и прије истека времена на које су именовани на начин и под условима прописаним законом и овим статутом.

Руководилац пословања Фонда је директор. Директора именује и разрјешава Влада по поступку јавне конкуренције. Поступак јавне конкуренције за избор и именовање директора Фонда спроводи надлежно Министарство. Директор се именује на период од 4 године. Директор Фонда је Срђан Тодоровић, дипломирани економиста.