Фонд својим средствима, у обављању своје дјелатности, обезбјеђује финансијску подршку за остваривање циљева и начела заштите животне средине и унапређења енергетске ефикасности, дефинисаних републичким стратешким документима и локалним еколошким акционим плановима јединица локалне самоуправе, ради подизања квалитета системског и цјеловитог очувања животне средине, очувања природних заједница и рационалног коришћења природних добара и енергије, као основних услова одрживог развоја, те остваривања права човјека на здраву животну средину.

Средства за финансирање Фонда, заштите животне средине, енергетске ефикасности и обновљивих извора енергије, у складу са Законом о Фонду, обезбјеђују се из намјенских средстава и то:

- накнаде коју плаћају загађивачи животне средине,

- накнаде за оптерећивање животне средине отпадом,

- накнаде за заштиту вода коју плаћају власници транспортних средстава која користе нафту или нафтне деривате у складу са Законом о водама ("Службени гласник Републике Српске", бр. 50/06 и 92/09),

- средстава остварених по основу међународних програма, пројеката и других активности у области заштите животне средине, енергетске ефикасности и обновљивих извора енергије,

- прилога, донација, поклона и помоћи и

- из других извора у складу са законом.

Средства Фонда користе се за финансирање заштите животне средине, енергетске ефикасности и обновљивих извора енергије, а нарочито за:

1) заштиту, очување и побољшање квалитета ваздуха, воде, земљишта и шума, као и ублажавање промјена климе и заштиту озонског омотача,

2) санирање депонија отпада, подстицање смањења настанка отпада, поновну употребу и рециклажу отпада,

3) подстицање на увођење технолошких процеса који смањују или потпуно елиминишу негативне утицаје на животну средину,

4) заштиту и очување биодиверзитета и геодиверзитета,

5) подстицање одрживог коришћења заштићених природних добара,

6) подстицање одрживог развоја руралних подручја,

7) подстицање унапређења енергетске ефикасности,

8) подстицање реализације пројеката енергетске ефикасности и обновљивих извора енергије у јавном сектору,

9) подстицање коришћења и истраживања обновљивих извора енергије и њиховог коришћења у сврху повећања енергетске ефикасности,

10) подстицање чистијег транспорта,

11) подстицање образовних, истраживачких, иноваторских и развојних студија, програма и пројеката из области заштите животне средине,

12) финансирање програма еколошког образовања и јачања јавне свијести о питањима очувања животне средине и одрживог развоја.

Средства Фонда користе се и за рад и пословање Фонда те остваривање других активности утврђених годишњим планом рада Фонда.

Средстава Фонда додјељују се корисницима ради финансирања програма, пројеката и студија утврђених Законом о Фонду, посредством подстицајних средстава, донација, бесповратних средстава и помоћи.

Начин коришћења средстава Фонда утврђује се општим актима Фонда у складу са Законом о Фонду.