Фонд има годишњи план рада и финансијски план, којим планира послове за наредну календарску годину, најкасније до 15. децембра текуће године за наредну календарску годину. Влада даје сагласност на годишњи план рада и финансијски план Фонда, уз претходно прибављена мишљења надлежног Министарства и министарства надлежног за послове енергетике. У плану рада и финансијском плану одвојено се приказују програми и пројекти за област заштите животне средине од пројеката и програма за област енергетске ефикасности и обновљивих извора енергије.

Финансијским планом Фонда утврђује се расподјела средстава Фонда за финансирање припреме, провођења и развоја програма, пројеката и сличних активности у области заштите животне средине, те за финансирања енергетске ефикасности и коришћења обновљивих извора енергије у складу са намјеном утврђеном Законом о Фонду.

Финансијским планом утврђују се и потребна средства за обављање управно-правних, стручних, финансијских и других послова Фонда из укупног прихода Фонда.

Расподјела средстава утврђена финансијским планом утврђује се у складу са годишњим планом рада Фонда, у коме се средства намијењена за заштиту животне средине и средства намијењена за енергетску ефикасност одвојено приказују.

У складу са Упутством Министарства финансија, број 06-15/400-274-1/09, Фонд користи Контни оквир за привредна друштва, задруге, друга правна лица и предузутнике.